Die dicken Mauern der St. Stephanskirche blieben in der wechselvollen Geschichte von der einstigen Klosterkirche des Zisterzienser-Nonnenklosters Segenstal, erbaut 1325, über die Zeit der Reformation und der Gründung der evangelisch-lutherischen Kirchengemeinde 1560 bis heute bewahrt.
1660 wurde das alte "Kirchenschiff" um ein neues erweitert. Die reiche Vlothoer Schiffergilde im 17. Jahrhundert stiftete der Kirchengemeinde wertvolles Gerät: einen Abendmahlskelch (1634), Kronleuchter und Altarkerzenständer. Ihr Zunftzeichen, das prächtige Segelschiff, hängt noch heute im Kirchenraum. Die Emporenbrüstung des "Schifferpriechen" zieren Bilder der Passion Jesu.
Darüber signalisiert ein großes Lutherbild den Bekenntnisstand der Gemeinde. Das barocke Altarbild zeigt die Grablegung Jesu, - dem korrespondiert die Darstellung des auferstandenen Christus auf dem Schalldeckel der Kanzel. Eine Besonderheit ist auch der "schwebende Taufengel" im Altarraum (1762). An der Empore der Westseite findet sich ein Bilderzyklus der alttestamentlichen Könige. So vermittelt die Kirche den Gesamteindruck eines prächtigen Festsaales, der die Gemeinde zum Feiern des Gottesdienstes einlädt.
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