Die Initiative der Einwohner von Exter führte 1666 zur Selbständigkeit der Gemeinde. Bis dahin hatte sie zum Stift Berg in Herford gehört. Aber am 11. Juni 1666 schrieben sie einen Brief an den Großen Kurfürsten, Friedrich Wilhelm von Brandenburg, und baten ihn, "uns die Aufbauung einer eigenen Kirche mitten in unserer Bauerschaft zu verwilligen." Der genehmigte schon am 2. August den Bau der Kirche. Am 21. November wurde der erste Pastor eingeführt. Seither ist Exter eine selbständige Gemeinde. Ein Wappenstein über dem Turmeingang mit den Initialen "FWc" (Friedrich Wilhelm Curfürst) mit der Jahreszahl "Anno 1666" erinnert bis heute daran.
Während der 19 m hohe Turm in seiner ersten Gestalt bis heute erhalten blieb, musste das baufällig gewordene Kirchenschiff 1951 neu errichtet werden. Von der alten Innenausstattung konnten Emporenbrüstung und Kanzel erhalten werden. Der Taufengel sowie die Altar- und Kanzelbilder mussten nach einem Diebstahl ersetzt werden; sie bilden mit den Fenstern den Schmuck der Kirche.
Seit 1959 wird die schöne Dorfkirche auch als Autobahnkirche zur erholsamen "Rast an Leib und Seele" für die Reisenden genutzt.
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